การดำเนินงานของสถาบันมุ่ง สืบสาน รักษา ต่อยอด โครงการหลวง ด้วยการวิจัยเพื่อสร้างองค์ความรู้ใหม่สำหรับการสนับสนุนโครงการหลวงและการพัฒนาพื้นที่สูง ทั้งด้านเศรษฐกิจ สังคม และสิ่งแวดล้อม และดำเนินงานขยายผลโครงการหลวงไปพัฒนาพื้นที่สูงต่างๆ ให้ชุมชนอยู่ดีมีสุขอย่างสมดุลและยั่งยืน โดยใช้องค์ความรู้ ผลงานวิจัย และวิธีการปฏิบัติงานแบบโครงการหลวง ซึ่งยึดการพัฒนาแบบองค์รวมบนฐานความรู้ที่สอดคล้องกับภูมิสังคม ยึดหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง การสร้างความเข้มแข็งของคนและชุมชน การบูรณาการระหว่างหน่วยงานต่างๆ ภายใต้การบริหารจัดการที่มีสมรรถนะ มาตรฐาน และธรรมมาภิบาล ดังนั้นเป้าหมายของแผนการวิจัยและพัฒนาพื้นที่สูง คือ

1. การเป็นศูนย์กลางการวิจัย พัฒนา และการเรียนรู้ศาสตร์พระราชาและการพัฒนาพื้นที่สูง ในการเป็นแหล่งวิจัย รวบรวม แหล่งเรียนรู้และเผยแพร่องค์ความรู้งานวิจัยในการสนับสนุนงานโครงการหลวง และชุมชนบนพื้นที่สูงอื่น และเป็นภาคีเครือข่ายการวิจัยและพัฒนาพื้นที่สูงทั้งในระดับชาติและนานาชาติ
2. ชุมชนเป้าหมายเป็นแหล่งเรียนรู้การพัฒนาพื้นที่สูงอย่างยั่งยืน มีความอยู่ดีมีสุข มีรายได้ที่พอเพียงต่อการดำรงชีวิต สังคมมีความเข้มแข็ง สามัคคี และรักษาวัฒนธรรมของท้องถิ่น รวมทั้งสามารถอนุรักษ์และฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมได้อย่างยั่งยืน
3. สถาบันเป็นองค์กรสมรรถนะสูง ทันสมัย มีคุณภาพด้านการบริหารจัดการตามหลักธรรมาภิบาล มีระบบเทคโนโลยีสารสนเทศที่ทันสมัย และบุคลากรที่มีสมรรถนะสูงในการพัฒนางานและรองรับการเปลี่ยนแปลงในอนาคต