เพื่อสนับสนุนให้การดำเนินงานของ ก.ล.ต. บรรลุเป้าหมายและภารกิจในการกำกับดูแลและพัฒนาตลาดทุนไทย ก.ล.ต. ได้จัดโครงสร้างองค์กรเป็น 3 ระดับ คือ

ระดับที่ 1 คณะกรรมการ ก.ล.ต. ซึ่งมีอำนาจหน้าที่ในการกำหนดนโยบายในการส่งเสริมและพัฒนาตลาดทุนไทย

ระดับที่ 2 คณะกรรมการกำกับตลาดทุน ทำหน้าที่ในการออกกฎระเบียบที่เป็นรายละเอียดในการปฏิบัติ และ

ระดับที่ 3 สำนักงานคณะกรรมการกำกับหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ มีหน้าที่ปฏิบัติงานตามนโยบายที่ได้รับมอบหมาย

รวมทั้งยังมีคณะกรรมการตรวจสอบทำหน้าที่ดูแลเพื่อให้แน่ใจว่าการดำเนินงานในทุกระดับอยู่ภายใต้กรอบธรรมาภิบาลที่ดี รวมทั้งการดำเนินงานของสำนักงานคณะกรรมการกำกับหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ มีระบบควบคุมภายในที่รัดกุม