สำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร (สนข.) กระทรวงคมนาคม ตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติปรับปรุง กระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 และพระราชกฤษฎีกาการโอนกิจการบริหารและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 ซึ่งกำหนดให้สำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจรราจร (สนข.) เป็นส่วนราชการที่รวม 3 หน่วย ได้แก่ สำนักงานคณะกรรมการจัดระบบการจราจรทางบก (สจร.) สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี บางส่วนของสำนักงานปลัดกระทรวงตมนาคม และบางส่วนของสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการพาณิชยนาวี สังกัดกระทรวงคมนาคม มาไว้ด้วยกัน 

ปัจจุบัน "สำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร" (สนข.) มีผู้อำนวยการสำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจรเป็นหัวหน้าส่วนราชการและทำหน้าที่เป็นกรรมการและเลขานุการของคณะกรรมการจัดระบบการจราจรทางบก (คจร.)