กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้จัดตั้งพิพิธภัณฑ์การเกษตรเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเฉลิมพระเกียรติ พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรเนื่องในมหามงคลสมัยที่ทรงครองสิริราชสมบัติครบรอบ 50 ปี ในปีพุทธศักราช 2539 โดยสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้ากรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์การก่อสร้างอาคารพิพิธภัณฑ์ เมื่อวันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ.2539 และพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรเสด็จพระราชดำเนินเป็นองค์ประธานในพิธีเปิดเมื่อวันที่ 21 มกราคม พ.ศ.2545