องค์การบริหารส่วนตำบลคลองน้ำไหล จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 2 มีนาคม 2538 เป็น อบต.ขนาดเล็ก เดิมใช้อาคารของสภาตำบลเป็นที่ทำการปัจจุบัน อยู่ที่ทำการแห่งใหม่(ก่อสร้างบริเวณเดิม) โดยทำบุญขึ้นอาคารแห่งใหม่เมื่อวันที่ 11 พฤษภาคม 2549 ปัจจุบันเป็น อบต.ขนาดใหญ่ องค์การบริหารส่วนตำบลคลองน้ำไหล ตั้งอยู่ ณ บ้านคลองน้ำไหลเหนือ พัฒนา หมู่ที่ 21 ตำบลคลองน้ำไหล อำเภอคลองลาน จังหวัดกำแพงเพชร มีพื้นที่รับผิดชอบทั้งหมด 393 ตารางกิโลเมตร หรือ 245,625 ไร่