ด่านมะขามเตี้ยมีการตั้งหมู่บ้านมานานกว่า 200  ปี  สมัยก่อนเป็นด่านตรวจคนเข้าออกตามชายแดนของอำเภอเมืองกาญจนบุรี  ยามปกติราษฎรใช้เป็นเส้นทางสัญจรไปมา เมื่อเกิดศึกสงครามเก้าทัพ "ขุนด่าน" พร้อมด้วยทหารไทยที่ประจำด่านได้ต่อสู้กับทหารพม่ามีผู้คนล้มตายจำนวนมาก และบริเวณนี้มีต้นมะขามซึ่งเตี้ยมากอยู่ต้นหนึ่งขึ้นโดดเด่นสวยงาม แผ่กิ่งก้านงอกงามร่มรื่นอยู่ใกล้บริเวณหนองน้ำใหญ่ (เรียกว่าหนองสระ) เป็นที่อาศัยของสัตว์ใหญ่น้อยนานาชนิดเมื่อตั้งหมู่บ้านจึงเรียกว่าบ้านหนองมะขามเตี้ย ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็น บ้านด่านมะขามเตี้ย

      เดิมตำบลด่านมะขามเตี้ยอยู่ในเขตการปกครองของอำเภอเมืองกาญจนบุรี  และเมื่อวันที่ 1 เมษายน 2533  กระทรวงมหาดไทยได้มีประกาศแบ่งพื้นที่บางส่วนของอำเภอเมืองกาญจนบุรี  จำนวน 3 ตำบล  คือ  ตำบลด่านมะขามเตี้ย ตำบลกลอนโด  และตำบลจระเข้เผือก อยู่ในเขตการปกครองของกิ่งอำเภอด่านมะขามเตี้ย ต่อมาได้ประกาศยกฐานะเป็น "อำเภอด่านมะขามเตี้ย" เมื่อวันที่ 7 กันยายน 2538  

      “องค์การบริหารส่วนตำบลด่านมะขามเตี้ย” เดิมเรียกว่า “ศูนย์ข้อมูลประจำตำบล” สภาตำบลด่านมะขามเตี้ยได้ใช้ศูนย์ข้อมูลแห่งนี้เป็นสำนักงานสภาตำบลด่านมะขามเตี้ย ต่อมากระทรวงมหาดไทยได้มีประกาศยกฐานะสภาตำบลขึ้นเป็น “องค์การบริหารส่วนตำบลด่านมะขามเตี้ย”  เมื่อวันที่  19  มกราคม  2539