อำเภอเมืองปราจีนบุรี มีนายอำเภอ เป็นผู้บริหารสูงสุดในอำเภอ โดยมีปลัดอำเภอหัวหน้ากลุ่มงานบริหารงานปกครอง เป็นผู้ควบคุมดูแลฝ่ายบริหารงานปกครอง และมีหัวหน้าส่วนราชการอื่น ๆ เช่น ปศุสัตว์อำเภอ สัสดีอำเภอ สรรพาการอำเภอ สาธารณสุขอำเภอ กศน.อำเภอ เกษตรอำเภอ พัฒนาการอำเภอ ท้องถิ่นอำเภอ กีฬาอำเภอ เป็นผู้ควบคุมดูแลในส่วนราชการนั้น ๆ และมีปลัดอำเภอเป็นผู้ช่วยนายอำเภอ ประกอบด้วยฝ่ายทะเบียนและบัตร ฝ่ายอำนวยความเป็นธรรม งานสำนักงาน ฝ่ายความมั่นคง มีพนักงานราชการ และลูกจ้าง รวมทั้งเจ้าหน้าที่ อส. ปฏิบัติหน้าที่