เทศบาลเมืองขลุง  เดิมเป็นหน่วยการปกครองในส่วนภูมิภาคชื่อว่า“ตำบลขลุง”อยู่ในเขตการปกครองของอำเภอขลุง จังหวัดจันทบุรี

         อำเภอขลุง  ปัจจุบันเป็นอำเภอที่อยู่ในเขตการปกครองของจังหวัดจันทบุรี  เดิมอำเภอนี้เป็น "เมือง" มีเจ้าเมืองปกครองเรียกกันว่า "เมืองขลุง"  ต่อมาในสมัย พระบาสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชการที่ 5 มีการจัดระเบียบการปกครองตามแบบมณฑลเทศาภิบาล เมืองขลุง จึงมีฐานะเป็น อำเภอ เรียกว่า “อำเภอขลุง” ต่อมาเมื่อฝรั่งเศส ได้ย้ายมาจากเมืองจันทบุรีไปอยู่จังหวัดตราดอำเภอขลุง จึงได้ยกฐานะเป็นเมืองอีกวาระหนึ่ง มีฐานะเป็นเมืองจัตวา เรียกว่า “เมืองขลุง”

         ต่อมาได้มีพระบรมราชโองการดำรัสเหนือเกล้า ฯ สั่งการว่า อำเภอทุ่งใหญ่1 อำเภอขลุง1 รวม 2 อำเภอนี้สมควรยกเป็นเมืองหนึ่งได้ จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้รวมอำเภอ ทุ่งใหญ่ กับ อำเภอขลุง ยกเป็นเมืองจัตวา เรียกว่า “เมืองขลุง” และทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้รวมเป็นเมืองจันทบุรี 1 เมืองระยอง1 เมืองขลุง1 เป็นมณฑลเทศาภิบาลเรียกว่า “มณฑลจันทบุรี” โปรดเกล้า ฯ ให้พระยาวิชยาบดี เป็นข้าหลวงเทศาภิบาลมณฑลจันทบุรีสืบไป

         ครั้นต่อมาในราว พ.ศ. 2451 เมื่อฝรั่งเศสได้ย้ายออกจากเมืองตราดแล้ว เมืองตราดได้มีฐานะเป็นจังหวัดขึ้นตามเดิม โดยมีอำเภอบางพระ อำเภอเกาะช้าง อำเภอทุ่งใหญ่(อำเภอเขาสมิงปัจจุบัน)รวมอยู่ในเขตการปกครองจังหวัดตราด “เมืองขลุง” จึงได้ยุบเป็นอำเภอ ขึ้นกับเมืองจันทบุรี และคงมีฐานะเป็นอำเภอ ตลอดมาจนถึงปัจจุบัน 

         เทศบาลเมืองขลุง  ได้ยกฐานะเป็นเทศบาลตำบลขลุงเมื่อวันที่  16 ตุลาคม 2488  และได้ดำเนินการบริหารงานมาตั้งแต่วันที่  6  เมษายน  2489  มีเนื้อที่ 2.6 ตารางกิโลเมตร  ขณะนั้นไม่มีสำนักงานเป็นของตนเองต้องเช่าห้องแถวเอกชนเป็นสำนักงานต่อมาใน ปี พ.ศ. 2497 ได้ก่อสร้างสำนักงานเทศบาลเป็นอาคารไม้  ชั้นเดียวในบริเวณที่ดินที่เรียกว่า  “ทุ่งเวฬุ” ถนนเทศบาลสาย 4 

         ปี พ.ศ.2516 ได้มีพระราชกฤษฎีกาเปลี่ยนแปลงเขตเทศบาลโดยได้ขยายเขตเทศบาลออกไปอีก 0.58  ตารางกิโลเมตร  รวมพื้นที่เขตเทศบาลทั้งสิ้น  3.18  ตารางกิโลเมตร
         ต่อมาในปี พ.ศ.2519 เห็นว่าอาคารสำนักงานเทศบาลตำบลขลุงหลังเดิมมีสภาพชำรุดทรุดโทรมไม่สามารถที่จะใช้เป็นที่ทำงานได้  จึงได้ขออนุมัติรื้อถอนสำนักงานเทศบาลหลังเก่าและดำเนินการก่อสร้างสำนักงานหลังใหม่ขึ้นเป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก 2 ชั้น  พร้อมรั้วรอบบริเวณและต่อมาในปี พ.ศ. 2540  ได้ต่อเติมอาคารเพิ่มอีก 1 ชั้น  เป็นอาคารในปัจจุบัน

         ปี พ.ศ. 2538  ได้มีพระราชกฤษฎีกายกฐานะจากเทศบาลตำบลขลุงขึ้นเป็น  เทศบาลเมืองขลุงเมื่อวันที่ 24  กันยายน  2538 (ราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่มที่ 112  ตอนที่ 40  ลงวันที่  24  กันยายน  2538)