เปิดดำเนินการเมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2510 โดยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช และสมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ ทรงพระกรุณาธิคุณพระราชทานพิธีเปิดเมื่อวันที่ 11 มีนาคม 2511 เพื่อผลิตผดุงครรภ์อนามัยส่งเสริมการอนามัยแม่และเด็ก

             ปี 2510   ชื่อ  ศูนย์อนามัยแม่และเด็กเขต 9 กองอนามัยครอบครัว       

            ปี 2530   ชื่อ  ศูนย์ส่งเสริมสุขภาพเขต 9 , ศูนย์ส่งเสริมสุขภาพเขต 12    

            ปี 2545   ชื่อ  ศูนย์อนามัยที่ 12 ยะลา

            เป็นศูนย์วิชาการระดับเขต สังกัดกรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข มีพื้นที่รับผิดชอบ 7 จังหวัดภาคใต้ตอนล่าง ได้แก่  จังหวัดตรัง  จังหวัดพัทลุง  จังหวัดสงขลา จังหวัดสตูล จังหวัดยะลา จังหวัดปัตตานี และจังหวัดนราธิวาส

            เป็นองค์กรหลักในการส่งเสริมสุขภาพและอนามัยสิ่งแวดล้อม เพื่อส่งเสริมให้ประชาชนมีสุขภาพดี ในเขต 12